Sonic, Knuckles et Tails se réunissent pour affronter un nouvel adversaire puissant, Shadow, un mystérieux méchant doté de pouvoirs sans précédent. Leurs capacités étant surpassées, l’équipe Sonic doit forger une alliance improbable. Les cinéastes des films précédents ont mentionné avoir joué à Sonic the Hedgehog 2 (2001) et au jeu autonome Shadow the Hedgehog (2005) pour s’en inspirer. Le film s’inspire également d’éléments narratifs de la série télévisée d’animation Sonic the Hedgehog (1993). Commandant Walters : [à propos de Shadow] L’histoire de Shadow a commencé un peu comme la vôtre, Sonic. Mais là où vous avez trouvé de la famille et des amis, Shadow n’a trouvé que de la douleur… et de la perte…